Pakiet oprogramowania w systemach Linux to skompresowane archiwum zawierające pliki i ustawienia konfiguracyjne, które umożliwiają łatwą i szybką instalację programu, jego odświeżanie i deinstalację. Niektóre z nich można używać w terminalu, inne mają interfejs graficzny. Wiele dystrybucji Linuxa jest wyposażonych w aplikację do zarządzania oprogramowaniem np. Zarządzanie pakietami Muon w Ubuntu. Po uruchomieniu aplikacji należy wskazać pakiet, który należy zainstalować i podać hasło administratora. Menedżery mogą pobierać pakiety z repozytoriów, czyli serwerów poszczególnych dystrybucji. Dodatkową korzyścią instalowania aplikacji przez menedżer pakietów jest to, że nie trzeba sprawdzać aktualizacji – zrobi to za nas menedżer aktualizacji, który może pobrać i zainstalować wszystkie dostępne aktualizacje obecnych w naszym systemie programów.

Oprogramowanie wchodzące w skład Ubuntu zostało podzielone na cztery sekcje zwane komponentami:

• main – aplikacje spełniające wymagania licencyjne Ubuntui są wspierane przez zespół projektu – jest to najważniejsze oprogramowanie z punktu widzenia użytkownika;
• restricted – oprogramowanie niezbędne do pracy i funkcjonowania systemu, opublikowane na licencji niezgodnej z wymogami Ubuntu np. sterowniki kart graficznych;
• universe – wolne oprogramowanie, tworzone przez podmioty niezależne i niewspierane przez Ubuntu;
• multiverse – oprogramowanie niezgodne z wymaganiami Ubuntu i niewspierane przez zespół Ubuntu.

Podczas instalacji systemu są instalowane programy niezbędne do jego funkcjonowania. Jeżeli jakiś program nie został zainstalowany, można to zrobić w dowolnym momencie. Dodatkowe programy mogą być instalowane rożnymi metodami:

• za pomocą aplikacji do zarządzania pakietami np. Muon;
• za pomocą poleceń w terminalu;
• ze specjalnie przygotowanych pakietów deb;
• z plików wykonywanych np. .run, .sh.

Różne dystrybucje Linuxa mają własne systemy zarządzania pakietami, np. w Fedorze i innych dystrybucjach opartych na systemie RedHat używany jest menedżer pakietów *.rpm, natomiast w dystrybucjach Debian, Ubuntu i innych na nich opartych są używane pakiety w formacie *.deb. Oznaczenie pakietu dla dystrybucji Debian i pochodnych, składa się z czterech elementów:

• nazwy_pakietu;
• wersji pakietu;
• platformy sprzętowej;
• rozszerzenia.

Przykładowo plik gimp_2.8.22-1_amd64.deb zawiera program o nazwie gimp w wersji 2.8.22, dla komputerów z procesorem zgodnym z architekturą amd64 (AMD i Intel z procesorem 64-bitowym).

W Ubuntu w środowisku tekstowym można używać menedżera pakietów dpkg. Przed instalacją programu należy pobrać pakiet z internetu (np. repozytorium) lub innego źródła. Najczęściej używane opcje dpkg:

• i – instalacja pakietu;
• r – usunięcie pakietu;
• reconfigure – ponowna konfiguracja pakietu.

Do zarządzania i instalowania pakietów używany jest również system APT (Advanced Packaging Tool).  APT automatycznie zarządza zależnościami między pakietami, korzysta z repozytoriów pakietów zlokalizowanych w internecie. Plik /etc/apt/sources.list zawiera listę źródeł, z których mogą być pobierane pakiety. Do pliku można dopisywać nowe repozytoria. Najczęściej używane opcje polecenia apt-get:

• apt-get update – pobiera najnowsze informacje o pakietach;
• apt-get upgrade – aktualizacja pakietów;
• apt-get install nazwa_pakietu – instalacja pakietu wraz z zależnościami;
• apt-get remove nazwa_pakietu – usuwanie pakietu;
• apt-get –purge remove nazwa_pakietu – usuwanie pakietów wraz z plikami konfiguracyjnymi.